Nascut in 1898 la Iasi, ca fiu al lui Isaac Wechsler si al Adelei Schwarzfeld, parinti cu ascendenta intelectuala, Benjamin urmeaza cursurile primare la Scoala Trei Ierarhi, apoi studiile secundare la „Alexandru cel Bun“ si la „Liceul National“; obtine bacalaureatul la Liceul „Matei Basarab“ din Bucuresti. Intre 1916 si 1918, colaboreaza cu regularitate la Rampa, Revista critica, Chemarea, dupa ce debutase, in 1914, la reviste mai putin cunoscute: Absolutio, Zari senine, precum si la reviste iudaice: Hatikvah, Lumea Evree, Bar Kosba, Hasmonaea etc. In 1918 publica drama metafizica Tagaduinta lui Petru, la Editura ieseana Chemarea. In 1919 se inscrie la Facultatea de Drept din Iasi, pe care o abandoneaza dupa trei ani. Colaboreaza la revistele Umanitatea, Adevarul literar si artistic, Contimporanul, Sburatorul literar. In 1921 publica volumul Imagini si carti din Franta, mult discutat in epoca. Un an mai tirziu fondeaza teatrul de avangarda „Insula“, care isi va inceta activitatea dupa citeva luni.
In 1923 semnaleaza si comenteaza, intr-o suita de articole publicate in Adevarul literar si artistic, cartea lui Leon Sestov, Les révélations de la Mort. Intilnirea cu ideile lui Sestov il va marca pentru tot restul vietii. In luna decembrie a aceluiasi an pleaca la Paris, unde va locui, in apartamentul lui Rémy de Gourmont, ca bibliotecar al acestuia. Tot la Paris va avea loc si intilnirea reala cu Sestov, la Jules de Gaultier. In 1925 este corespondent strain, alaturi de Ilarie Voronca, la revista bucuresteana Integral, fondata de F. Brunea-Fox. Tot atunci incheie redactarea unei prime forme a cartii Faux traité d’esthétique. In aprilie 1928 ii apare cea dintii carte in limba franceza, Trois scénarii. Ciné-poèmes, cu o fotografie semnata de Man Ray. In 1929 publica, in revista Europe, studiul „Edmund Husserl et l’œuf de Colomb du réel“. In luna iulie pleaca in Argentina, ca invitat al Victoriei Ocampo, redactor-sef al revistei Sur, pentru o serie de conferinte la Universitatea din Buenos-Aires, unde va vorbi pentru prima oara despre opera lui Sestov, in studiul „Léon Chestov et la lutte contre les évidences“. Tot atunci ii apare, in Cahiers de l’Étoile, un text referitor la Constantin Brancusi. In 1930 iese de sub tipar volumul romanesc Privelisti, continind poeme publicate in periodice intre 1917 si 1923. Este angajat la studiourile cinematografice Paramount din Joinville-le-Pont, ca scenarist si asistent de regie.
Se casatoreste, la 28 iulie 1931, cu Geneviève Tissier, pe care o cunoscuse, in 1926, la o casa de asigurari unde fusese anterior angajat. In aceeasi perioada are primele contacte cu revista Cahiers du Sud, unde va trimite cu regularitate cronici la carti de filozofie, incepind cu un articol despre Heidegger: „Sur la route de Dostoïevski: Martin Heidegger“.
In 1932 publica primele fragmente din volumul de versuri franceze Ulysse, in Journal des Poètes de la Bruxelles. Anii 1933-1935 sint marcati de nenumarate colaborari, uneori cu lucrari de mare amploare, precum eseul Rimbaud le voyou, aparut la Denoël, studiul Cinéma 33; adapteaza pentru ecran romanul lui Ramuz, La Séparation des races, pe care il si realizeaza, sub titlul Rapt; il intilneste pe Martin Buber in 1934; polemizeaza, in 1935, cu Jean Wahl, dupa ce acesta publicase articolul „Héraclite le Pauvre. Nécessité de Kierkegaard“. In 1936 ii apare La Conscience malheureuse, culegere de studii consacrate lui Kierkegaard, Husserl, Heidegger, Sestov, Bergson, Gide etc.; revine in Argentina, unde realizeaza filmul Tararira; pe vaporul de la intoarcere, face cunostinta cu sotii Jacques si Raïssa Maritain, pe care ii va pastra ca prieteni apropiati, precum si cu Giuseppe Ungaretti.
In 1937 publica, in Cahiers du Journal des Poètes, de la Bruxelles, poemul Titanic, iar in Revue de Philosophie ii apare o ampla recenzie la cartea lui Sestov: Kierkegaard et la philosophie existentielle. Semneaza, in continuare, articole la rubrica „La philosophie vivante“ a revistei Le Rouge et le Noir. Apare, in 1938, la Editura Denoël, volumul Faux traité d’esthétique. In luna noiembrie a aceluiasi an, se stinge din viata Leon Sestov, marele sau prieten. Un an mai tirziu ii va incredinta Victoriei Ocampo un exemplar din manuscrisul Rencontres avec Chestov, care va aparea post mortem. Este mobilizat, in 1940, in regimentul de infanterie de la Sainte-Assise, linga Fontainebleau; prizonier, evadeaza, este prins si reinchis, dar eliberat, in cele din urma, din motive de sanatate si spitalizat la Val-de-Grace; publica, in Cahiers du Sud, „Au seuil de l’Inde“, iar in Revue Philosophique, studiul „Lévy-Bruhl et la métaphysique de la connaissance“. In 1941 revine acasa, la Paris, unde, in iarna lui ’41-’42, lucreaza la eseul Baudelaire et l’expérience du gouffre, ramas neterminat; fragmente din eseu vor fi publicate, in 1943, in revistele Cahiers du Sud si Domaine français. Este perioada in care incep legaturile sale cu Lescure, Cioran, Lupascu (despre care si scrie, in Cahiers du Sud). Lucreaza la poemele Le Mal des fantômes si L’Exode.
Ultimul sau text, un text filozofic, Le Lundi existentiel et le Dimanche de l’Histoire, este predat Editurii Gallimard, care nu il va putea publica, insa, decit in 1945, intr-un volum intitulat L’Existence, aparut sub ingrijirea lui Jean Grenier. In urma unui denunt, este arestat la data de 7 martie 1944, impreuna cu sora sa Lina, care nu dobindise inca cetatenia franceza. Amindoi sint trimisi in lagarul de la Drancy. O seama de prieteni, intre care Cioran, obtin eliberarea lui Fondane. Acesta, insa, refuza sa paraseasca lagarul fara Lina.
La 30 mai 1944 sint deportati impreuna la Auschwitz. Urma sorei sale se pierde. Fondane va fi gazat in 2 sau 3 octombrie 1944.

